法律で定められている菌群のことで、グラム陰性の無芽胞桿菌48時間以内に乳糖を分解して酸とガスを生ずるすべての好気性または通性嫌気性の細菌を言います。ふん便汚染または腸管系病原菌の汚染指標菌として最も一般的に用いられている菌群のことで、大腸菌群の名称は食品衛生学的領域で用いられる用語です。
大腸菌群の大部分は腸内細菌科(腸管常在菌)です。腸管内以外にも、畑の土壌、沿岸海水など自然界に広く分布しており、製造工程中の加熱不足等や環境衛生上の汚染指標菌となります。大腸菌群には、例えばEscherichia、Citrobacter、Klebsiella、Enterobacter、Aeromonas等が含まれます。
検査方法は、デソキシコーレイト寒天培地などの寒天培地を用いた定量検査とBGLB培地などのブイヨン培地を用いた定性試験に大別され、前者は一般的に菌数が多いと想定される検体に後者は菌数が少ないと想定される検体に適用されます。検査の結果、大腸菌群が検出された場合、以下の注意が必要です。

大腸菌群(48時間以内に乳糖を分解して酸とガスを産生する好気性又は通性嫌気性のグラム陰性無芽胞桿菌)のうち、44.5℃で発育可能な菌群を糞便系大腸菌群といい、糞便系大腸菌群は煩雑なIMViC試験を実施せずに大腸菌の存在を推定することができるという意図で設けられた菌群です。
さらに、糞便系大腸菌群の中で、IMViC試験の結果「＋、＋、－、－」の性状を有する細菌を大腸菌といいます。なお、包装後加熱製品以外の食肉製品、加熱後摂取冷凍食品のうち凍結直前未加熱のもの、生食用カキなどの規格試験で適用される｢ E.coli ｣は、糞便系大腸菌群に相当する検査です。比較的熱や乾燥に弱い細菌ですが、10℃以下の低温でも発育することが可能です。人や動物の大腸に生息する常在菌で、食品や河川水などの自然環境に広く分布しており、糞便汚染の指標菌です。大部分は病原性を示しませんが、一部の菌は腸管に感染し、下痢を主症状とする急性腸炎を起こすことがあり、これらの菌を「病原大腸菌」といいます。
検査方法は、EC培地(ブイヨン培地)を用いた方法が一般的です。44.5±0.2℃で24±2時間培養後、ガス産生が確認されたものについて大腸菌群の確認試験及び完全試験に相当する検査を実施し、性状等が当てはまれば糞便系大腸菌群｢陽性｣と判断、さらにIMViC試験を実施し性状等が当てはまれば大腸菌｢陽性｣となります。この方法以外に、ブイヨン培地、寒天培地を問わず様々な酵素基質培地を用いた方法があります。
検査の結果、加熱処理された食品から検出された場合は、より一層不潔な取り扱いを受けた可能性が示唆されることから、腸管系の病原菌の汚染のリスクが高いことが想定されます。なお、腸管出血性大腸菌は、75℃、1分間以上の加熱で死滅することが知られています。